特許出願後に論文発表をした場合は、その出願がその論文によって拒絶されることはありません。ただし、当該出願を基礎として、優先権主張を伴う新たな出願をする可能性がある場合は、注意が必要です。
特許法第69条第1項: 特許権の効力は、試験又は研究のためにする特許発明の実施には、及ばない