salome_meca-2023メモ
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*ダウンロード [#cb57af6f]
[[Salome-Meca-Code_Asterのサイト:https://code-aster.org/spip.php?article303]]が、最近、証明書の期限切れで接続できなくなっている。
（2024/8/26現在は表示できるようになった。証明書を新しくしたのだろうか。）
Chromiumブラウザーか、Firefoxの古い(76.0以前とか)なら、サイトの表示はできるかもしれないが、
ダウンロードしようとすると、証明書の期限切れで続行できなくなる。wgetで --no-check-certificate オプションを試してみる。
wget -e HTTP_PROXY=hogeproxy.hoge.jp:8080 'https://code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif' --no-check-certificate
途中で切れたら
wget --continue -e HTTP_PROXY=hogeproxy.hoge.jp:8080 'https://code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif' --no-check-certificate
100%になるまで、これを何回でも繰り返す。
sha1sumとmd5sumの結果は以下のようになる。Code_Asterのサイトにのっているsha1/md5の欄の数値とは違うが...
$ sha1sum salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
1285faa4aef8e94a39a32613a04b32567e2d60a4 salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
$ md5sum salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
6f38474fab9253a5adf5f02887b8126d salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
*singularityのインストール [#i8c55c8c]
**Ubuntu24 [#r64d759f]
Ubuntu24でのsingularityのインストールは、
sudo apt install singularity-container singularity
これだけで大丈夫のよう。
*実行ファイルの作成 [#n50455b7]
$ singularity run --app install salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
を実行すると、salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif という実行ファイルができている。
実行方法は、
$./salome_meca/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 --soft
*パネルにアイコンを追加 [#zdda4518]
-パネル上で右クリックし「パネルへ追加」
-カスタム・アプリケーションのランチャ
-追加
-名前：Salome-Meca2023
-コマンド：/home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 --soft
-アイコンの画像は、何もしないと押ボタンになるけど、今までのアイコンがよければ、それをsalome_mecaのディレクトリにでも入れて、参照すればよい。
--例えば、Salome-Meca2020のアイコンの画像ファイルは、~/kouzou/salome_meca/V2020.0.1_universal_universal/icon.png
-Salome-Meca2022の場合は
--コマンド：/usr/bin/singularity run /home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2022.1.0-1-20221225-scibian-9.sif
*以下は、うまく行かなかったときの記録 [#xd89daa0]
**実行ファイルをつくらないとうまくいかない [#kfa6c238]
ubuntu24またはubuntu22上のsalome23で、kata.hdf, kata.commを動かすと、以下のエラー。
Summary
Output messages for stage kata
Output messages for stage kata - [top / bottom]
++ using container salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
++ using software rendering mode (should use `mesa_salome` starter)
ubuntu22では動くsalome22は、ubuntu24では起動すらしないので、ターミナルから実行すると、以下のエラー
$ /usr/bin/singularity run /home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2022.1.0-1-20221225-scibian-9.sif
FATAL: container creation failed: mount /proc/self/fd/3->/var/lib/singularity/mnt/session/rootfs error: while mounting image /proc/self/fd/3: kernel reported a bad superblock for squashfs image partition, possible causes are that your kernel doesn't support the compression algorithm or the image is corrupted
*試行錯誤したメモ [#s07283f9]
-[[ここ:http://opencae.gifu-nct.ac.jp/pukiwiki/index.php?plugin=attach&refer=AboutTreeFoam&openfile=%BF%B7TreeFoam-3.24.240723%A4%CE%BE%D2%B2%F0.pdf]]にあるように、
$ singularity run --app install salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
を実行すると、
Installation successfully completed.
To start salome_meca, just use:
/home/gthmhk/salome_meca/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10
or (in the installation directory):
./salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10
If you want to check your configuration, use:
singularity run --app check salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
と表示されて、salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 という実行ファイルができる。
これを実行すると、以下のエラー。
/home/kouzou/salome_meca/./salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10:433: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\.'
regexp = re.compile("hwloc_(.*)\.so")
+ running salome_meca in GPU mode
++ using container salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
++ prepend system 'libGL*' libs
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.38' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLdispatch.so.0)
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.34' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLdispatch.so.0)
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.38' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLX.so.0)
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.34' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLX.so.0)
末尾に --soft のオプションをつけて以下のように実行したら、Salome-Mecaが起動する。
$./salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 --soft
kata.hdfとkata.commとで動作を確認。よかった、よかった。
終了行:
*ダウンロード [#cb57af6f]
[[Salome-Meca-Code_Asterのサイト:https://code-aster.org/spip.php?article303]]が、最近、証明書の期限切れで接続できなくなっている。
（2024/8/26現在は表示できるようになった。証明書を新しくしたのだろうか。）
Chromiumブラウザーか、Firefoxの古い(76.0以前とか)なら、サイトの表示はできるかもしれないが、
ダウンロードしようとすると、証明書の期限切れで続行できなくなる。wgetで --no-check-certificate オプションを試してみる。
wget -e HTTP_PROXY=hogeproxy.hoge.jp:8080 'https://code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif' --no-check-certificate
途中で切れたら
wget --continue -e HTTP_PROXY=hogeproxy.hoge.jp:8080 'https://code-aster.org/FICHIERS/singularity/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif' --no-check-certificate
100%になるまで、これを何回でも繰り返す。
sha1sumとmd5sumの結果は以下のようになる。Code_Asterのサイトにのっているsha1/md5の欄の数値とは違うが...
$ sha1sum salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
1285faa4aef8e94a39a32613a04b32567e2d60a4 salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
$ md5sum salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
6f38474fab9253a5adf5f02887b8126d salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
*singularityのインストール [#i8c55c8c]
**Ubuntu24 [#r64d759f]
Ubuntu24でのsingularityのインストールは、
sudo apt install singularity-container singularity
これだけで大丈夫のよう。
*実行ファイルの作成 [#n50455b7]
$ singularity run --app install salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
を実行すると、salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif という実行ファイルができている。
実行方法は、
$./salome_meca/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 --soft
*パネルにアイコンを追加 [#zdda4518]
-パネル上で右クリックし「パネルへ追加」
-カスタム・アプリケーションのランチャ
-追加
-名前：Salome-Meca2023
-コマンド：/home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 --soft
-アイコンの画像は、何もしないと押ボタンになるけど、今までのアイコンがよければ、それをsalome_mecaのディレクトリにでも入れて、参照すればよい。
--例えば、Salome-Meca2020のアイコンの画像ファイルは、~/kouzou/salome_meca/V2020.0.1_universal_universal/icon.png
-Salome-Meca2022の場合は
--コマンド：/usr/bin/singularity run /home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2022.1.0-1-20221225-scibian-9.sif
*以下は、うまく行かなかったときの記録 [#xd89daa0]
**実行ファイルをつくらないとうまくいかない [#kfa6c238]
ubuntu24またはubuntu22上のsalome23で、kata.hdf, kata.commを動かすと、以下のエラー。
Summary
Output messages for stage kata
Output messages for stage kata - [top / bottom]
++ using container salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
++ using software rendering mode (should use `mesa_salome` starter)
ubuntu22では動くsalome22は、ubuntu24では起動すらしないので、ターミナルから実行すると、以下のエラー
$ /usr/bin/singularity run /home/kouzou/salome_meca/salome_meca-lgpl-2022.1.0-1-20221225-scibian-9.sif
FATAL: container creation failed: mount /proc/self/fd/3->/var/lib/singularity/mnt/session/rootfs error: while mounting image /proc/self/fd/3: kernel reported a bad superblock for squashfs image partition, possible causes are that your kernel doesn't support the compression algorithm or the image is corrupted
*試行錯誤したメモ [#s07283f9]
-[[ここ:http://opencae.gifu-nct.ac.jp/pukiwiki/index.php?plugin=attach&refer=AboutTreeFoam&openfile=%BF%B7TreeFoam-3.24.240723%A4%CE%BE%D2%B2%F0.pdf]]にあるように、
$ singularity run --app install salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
を実行すると、
Installation successfully completed.
To start salome_meca, just use:
/home/gthmhk/salome_meca/salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10
or (in the installation directory):
./salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10
If you want to check your configuration, use:
singularity run --app check salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
と表示されて、salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 という実行ファイルができる。
これを実行すると、以下のエラー。
/home/kouzou/salome_meca/./salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10:433: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\.'
regexp = re.compile("hwloc_(.*)\.so")
+ running salome_meca in GPU mode
++ using container salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10.sif
++ prepend system 'libGL*' libs
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.38' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLdispatch.so.0)
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.34' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLdispatch.so.0)
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.38' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLX.so.0)
SALOME_Session_Server_No_Server: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.34' not found (required by /.singularity.d/libs/libGLX.so.0)
末尾に --soft のオプションをつけて以下のように実行したら、Salome-Mecaが起動する。
$./salome_meca-lgpl-2023.1.0-4-20240327-scibian-10 --soft
kata.hdfとkata.commとで動作を確認。よかった、よかった。
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![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
